Thấy bà có nhan sắc mặn mà, Mạc Mậu Hợp mưu giết Sơn Quận công Bùi Văn Khuê để cướp vợ của ông ta. Cơ mưu bị bại lộ, Bùi Văn Khuê lập tức đem toàn hộ gia quyến và tướng sĩ dưới quyền, chạy về với Nam triều. Sự kiện này khiến cho cả vua Lê lẫn chúa Trịnh đều rất hồ hởi. Nhưng, ở với Nam triều chưa được mười năm. Bùi Văn Khuê đã phản Nam triều mà về với Bắc triều, dầu lúc đó Bắc triều hầu như chẳng còn chút thực lực nào đáng kể nữa. Hẳn nhiên, lấy chồng thì phải theo chồng, bà Nguyễn Thị Niên cũng bỏ Nam triều mà đi. Sách Đại Việt sử kí toàn thư (Bản kỉ tục biên, quyển 18, tờ 1-b) đã chép chuyện vợ chồng Bùi Văn Khuê từ khi về với Bắc triều như sau:
“Khi ấy (năm Canh ,Tí, 1600 – ND), bọn Phan Ngạn, Ngô Đình Nga và Bùi Văn Khuê đem quân lính theo về với họ Mạc, ra lời chiêu an các thành thị để mưu việc lớn, nhưng bọn Phan Ngạn lại ngờ Bùi Văn Khuê có ý khác, bèn sai người bắn chết Văn Khuê ở giữa sông. Từ đó, (Phan) Ngạn tự xưng là Tiết chế Sinh Quốc công, (Ngô) Đình Nga tự xưng là Thái bảo Hoa Quận Công, còn em của Phan Ngạn (chưa rõ tên) thì xưng là Tiền Bộ dinh Quỳnh Quận công. Khi ra bảng yết thị hoặc lệnh cấm, chúng dùng niên hiệu Càn Thống của họ Mạc. (Niên hiệu này là của Mạc Kính Cung, dùng từ năm 1593 đến 1625 – ND). Vợ Văn Khuê là Nguyễn Thị Niên muốn báo thù cho chồng, vừa khóc vừa nói với quân lính của chồng rằng:
– Người nào dốc sức đền ơn, giết được (Phan) Ngạn thì sẽ được trọng thưởng. Phan Ngạn nghe tin, giận lắm. Ngày 1 tháng 6 (năm 1600- ND) Ngạn dẫn quân đến Hoàng Giang để đánh nhau, bị quân của vợ Văn Khuê bắn chết ở giữa sông”.
Các tác giả sách Khâm định Việt sử thông giám cương mục (Chính biên, quyển 31, tờ 4 và 5), sau khi chép chuyện Nguyễn Thị Niên tương tự như trên, còn viết thêm một Lời chua khá dài như sau:
“Nguyễn Thị, tên tự là Niên, con gái thứ của tướng nhà Mạc là Nguyễn Quyện. Có một thuyết nói rằng, Ngạn nghe nói Thị Niên có sắc đẹp, bèn sai người đưa tin, ước hẹn sẽ kết duyên với nhau. Nguyễn Thị Niên giả vờ nhận lời, rồi chọn hơn mười người trẻ tuổi, đẹp trai, đóng giả con gái, làm “thị tì” cho mình và hẹn với họ rằng: hễ ai mà giết được Phan Ngạn thì sẽ trọng thưởng. Cùng lúc đó, Nguyễn Thị Niên vì muốn cho Phan Ngạn không nghi ngờ gì nên hẹn với y rằng:
– Đêm ngày nọ, tháng nọ… sẽ đi thuyền lớn đến hội kiến. Phan Ngạn hí hửng lắm. Đến hẹn, Nguyễn Thị Niên ăn mặc lộng lẫy, đi thuyền ngược dòng, từ Hoàng Giang ra Nha Giang. Ngạn sai người do thám, thấy trong thuyền chỉ đầy những gái đẹp nên không còn nghi ngờ gì cả, vội ra ám hiệu cho thuyền tuấn tiễu bơi nhanh ra giữa sông, cắm neo gần chỗ đậu thuyền của Nguyễn Thì Niên. Sắp đặt đâu đó rồi, Ngạn mừng rỡ, lấy thuyền lớn đến gặp gỡ Nguyễn Thị Niên. Khi Ngạn đã sang thuyền mình rồi, Nguyễn Thị Niên ra dấu cho thuyền mình lui đần, còn “thị tì” thì đứng làm hai hàng để hầu rượu. Đúng lúc cuộc vui đang hồi nồng nàn nhất, đám “thị tì” rút dao giấu sẵn trong tay áo ra chặt đầu Phan Ngạn, rồi nhân lúc đang đêm, nước rút, gió thổi mạnh, bơi thuyền như bay mà về, khiến cho bọn lính tuần tiễu của Phan Ngạn cũng không hay biết gì cả. Đến nhà, Nguyễn Thị Niên đem đầu Phan Ngạn ra làm lễ tế chồng ở bàn thờ, xong, dặn hai con đến hành tại ở An Trường để xin quy thuận vua Lê, còn mình thì lao xuống sông tự tử”.
Lời bàn:
Hai thuyết khác nhau về một con người, nhưng xem ra, tính cách chung của con người ấy ở trong cả hai thuyết cũng chẳng có gì khác nhau. Tự mình đốc thúc quân lính bắn chết Phan Ngạn để trả thù cho chồng hay tự mình bày mưu để cho quân lính giết chết Phan Ngạn, thì cái chí của bà Nguyễn Thi Niên cũng chỉ là một mà thôi. Xuất giá tòng phu, bà Nguyễn Thị Niên đã nêu cao được tiết hạnh của người phụ nữ thuở trước. Bà đã cùng chồng ra sống vào chết, và cuối cùng, sau khi đã trả được thù cho chồng, thì trầm mình thủ tiết để giữ đức trung trinh. Hóa ra, bà chưa bao giờ được Vua ban tước hiệu, nhưng so với những người từng mang tước hiệu cao sang, như chồng bà là Sơn Quận công Bùi Văn Khuê chẳng hạn, thì danh giá của bà còn cao hơn hẳn nhiều lần. Bùi Văn Khuê từng bỏ nhà Mạc theo về với nhà Lê, sau lại bỏ nhà Lê theo về với nhà Mạc, lòng trung chỉ đáng giá bạc xu mà thôi.
Đành là Bắc triều hay Nam triều thì cũng đều là những kẻ đắc tội với dân, nhưng, nhân thời loạn mà làm cho thời thêm loạn, chỉ những ai tâm địa khó lường mới có thể cam lòng làm như vậy. Sự thất tiết của đấng nam nhi là đấy chăng ? Giết được Phan Ngạn rồi, Nguyễn Thị Niên về với nhà Mạc cũng chẳng được mà về với nhà Lê cũng không xong, còn như lánh đời thì biết mai danh ấn tích thế nào cho thoát lưỡi gươm cay nghiệt của cả hai bên. Không ai cổ vũ cho cái chết, nhưng đôi khi, cái chết cũng chính là sự giải thoát cần thiết đó thôi.
(Theo Việt sử giai thoại của Nguyễn Khắc Thuần)