Sinh thời, Lê Văn Quân ít chữ nghĩa, tính khí hẹp hòi và nhỏ nhen. Ông đã chết bởi tính khí ấy. Sách Đại Nam chính biên liệt truyện (Sơ tập, quyển 27) nói rằng, Lê Văn Quân cho Võ Tánh chẳng qua là nhờ lấy được Công chúa (Võ Tánh lấy Phúc Lộc Công chúa Nguyễn Thị Ngọc Du, chị của Nguyễn Phúc Ánh) nên mới được tin dùng và may mắn đứng ngang hàng với ông chớ tài cán thì chẳng đáng gì. Vì nghĩ như vậy, Lê Văn Quân vẫn để dạ hiềm khích, không ưa gì Võ Tánh cả.
Năm Canh Tuất (1790), Nguyễn Phúc Ánh cho quân đánh ra Bình Thuận, sai Lê Văn Quân làm tổng chỉ huy. Nguyễn Phúc Ánh thấy rằng Lê Văn Quân tuy quả quyết và bạo dạn nhưng hay khinh suất còn Võ Tánh thì hăng hái nhưng thường nóng vội, đã thế, hai người lại không ưa nhau, nên cử Nguyễn Văn Thành cùng đi với Lê Văn Quân và Võ Tánh để kiềm chế. Trận đầu, quân của Lê Văn Quân, Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành thắng lớn, Lê Văn Quân nhân đó tự kể và đề cao công trạng của mình, khiến Võ Tánh khinh Lê Văn Quân ra mặt. Cũng nhân đà thắng lợi, Lê Văn Quân muốn tiến đánh ra tận Diên Khánh nhưng vì bị Nguyễn Văn Thành can ngăn nên Lê Văn Quân đành phải đóng quân ở Phan Rang chờ thời. Đúng lúc đó, Võ Tánh và Nguyễn Văn Thành được lệnh rút quân về, còn Lê Văn Quân thì phải ở lại. Lực lượng Tây Sơn nhân đó đánh thẳng vào dinh trại của Lê Văn Quân. Lê Văn Quân không sao địch nổi, tướng sĩ bị chết quá nhiều, buộc phải đưa thư cáo cấp. Nhận thư ấy, Nguyễn Văn Thành khuyên Võ Tánh cùng nhau đem quân trở lại, nhưng Võ Tánh quyết không nghe, chỉ một mình Nguyễn Văn Thành trở lại cứu Lê Văn Quân.
Mùa thu năm 1790, Lê Văn Quân đóng dinh trại ở Phan Rí và lại bị Tây Sơn tấn công rất gấp. Một lần nữa, Lê Văn Quân buộc phải xin quân đến cứu viện. Từ đó, ông bắt đầu nhụt chí và thấy thua kém hẳn mọi người. Sách trên viết rằng :
“Vua (chỉ Nguyễn Phúc Ánh – NKT) nghe tin người Xiêm La muốn gây hấn ở ngoài biên cõi, bèn xuống chiếu triệu (Lê Văn Quân về. (Lê Văn) Quân tự cho mình là người thua trận luôn nên lấy làm xấu hổ, đã thế lại còn bị (Võ) Tánh khinh khi, cho nên cứ dùng dằng không chịu tiến quân ngay. ( Lê Văn) Quân còn dâng biểu, nói:
– Khi trước ở Bình Thuận, quan quân đến cứu viện khiến giặc phải rút lui, nhưng quan quân phần nhiều làm việc càn rỡ, cướp bóc dân đen, vậy, xin phái người tới xét hỏi để giữ nghiêm quân lệnh.
Ý Lê Văn Quân là muốn nói xấu Võ Tánh. Vua giận, quở trách (Lê Văn Quân) rằng:
– Việc qua lâu rồi, hà cớ gì cứ phải xét lại để gây thêm phiền nhiễu. Vả lại, triều đình đang có lắm việc phải lo, thế mà không chịu nghĩ đến, toan tính việc nhỏ là sao?
(Lê Văn) Quân sợ bị trị tội, bèn cáo bệnh, Vua đành phải sai Cai cơ là Nguyễn Văn Lợi đến thay cho (Lê Văn) Quân, (Lê Văn) Quân cứ cáo bệnh nghỉ mãi, bởi vậy, Vua chia quân lính (của Lê. Văn Quân) ra làm ba, giao cho Phùng Văn Nguyệt, Nguyễn Văn Lợi và Nguyễn Văn Tính cai quản.
Mùa xuân năm Tân Hợi (1791), (Lê Văn) Quân từ Hưng Phú trở về. Vua sai đình thần bàn nghị (tội lỗi) của (Lê Văn) Quân. Đình thần đều cho rằng, Lê Văn Quân phải bị xử tử, nhưng Vua nghĩ (Lê Văn) Quân cũng có chút công lao nên không nỡ giết, bèn sai tước hết quan chức. (Lê Văn) Quân Quân. Đình thần đều cho rằng, Lê Văn Quân phải bị xử tử, nhưng Vua nghĩ (Lê Văn) Quân cũng có chút công lao nên không nỡ giết, bèn sai tước hết quan chức. (Lê Văn) Quân xấu hổ quá, uống thuốc độc tự tử. Vua vừa tiếc lại vừa tức, tới tận nhà thương khóc, sai người lấy gậy đánh vào quan tài (của Lê Văn Quân) 100 gậy, xong mới cấp cho tám người lính làm phu mộ, lại còn cho hai người lính khác làm phụ coi mộ cho cha đẻ của (Lê Văn) Quân. Mẹ (của Lê Văn Quân) là người họ Trần, tuổi đã cao nên nhân vì có con nuôi của (Lê Văn) Quân là Lê Văn Khâm cũng đang bị bệnh, Vua liền cho (Lê Văn Khâm) về phụng dưỡng”.
Lời bàn:
Tướng Lê Văn Quân có ba điều rất đáng sợ. Một là ngạo mạn một cách vô lối, tức là tự mình xua đuổi thân hữu của mình. Hai là hẹp hòi và hay để bụng thù oán đồng liêu, tức là tự mình cô lập chính mình. Ba là không thấy lỗi mình, chỉ mong kiếm cớ hãm hại kẻ mình không ưa, cốt sao cho bõ ghét, tức là ngầm nuôi tâm địa xấu xa. Gồm đủ ba điều dáng sợ đó, làm người thường còn khó nói chi chuyện làm tướng cầm quân. Lê Văn Quân nhận ra lỗi lầm quá trễ, vả cũng vì quá trễ nên xấu hổ đến nỗi phải uống thuốc độc mà tự tử. Thế là chậm vẫn còn hơn không, nếu chẳng như vậy, Nguyễn Phúc Ánh đâu phải chỉ sai người đánh vào quan tài của Lê Vãn Quân 100 gậy và hậu thế cũng khó bề tha thứ cho Lê Văn Quân được.
Đánh 100 gậy vào quan tài của Lê Văn Quân, ai bảo chuyện đó chỉ là trò hão huyền, có biết đâu rằng, nhờ vậy mà sau đó khá lâu, dương thế chẳng có mấy ai dám xử sự như Lê Văn Quân nữa. Hữu ích đấy chớ, xin cứ nghĩ mà xem !
(Theo Việt sử giai thoại của Nguyễn Khắc Thuần )