Có thể nói, năm 1592 là năm đánh dấu sự chấm dứt vai trò của họ Mạc trên vũ đài chính trị của nước nhà. Sau nhiều trận đại bại liên tiếp, thế cùng lực kiệt, Mạc Mậu Hợp buộc phải rời bỏ kinh thành Thăng Long, chạy trốn lên vùng Đông Bắc. Kẻ trung thành và người theo hầu hạ ngày một ít dần, đất đai bị Nam triều chiếm lại gần hết. Cuối năm 1592, Mạc Mậu Hợp quyết chí tự mình cầm quân để đánh trận quyết định với Nam triều, nhưng cả cố gắng cuối cùng này cũng bị Nam triều đè bẹp. Bắc triều tan rã, vua quan và tướng sĩ không sao liên lạc được với nhau nữa. Số phận của Mạc Mậu Hợp sau trận thua thảm hại này, được sách Đại Việt sử kí toàn thư (Bản kỉ tục biên, quyển 17, tờ 35-b) ghi chép như sau:
“Bấy giờ, Mạc Mậu Hợp buộc phải bỏ thuyền mà đi bộ, đến một ngôi chùa ở huyện Phượng Nhãn, ẩn náu ở đó mười một ngày. Khi quan quân (chỉ Nam triều – ND) đến huyện Phượng Nhãn, có người trong thôn dẫn đường đưa quan quân vào chùa. Mạc Mậu Hợp bị bắt giải về dinh trại. Vũ Quận Công sai người lấy voi chở Mạc Mậu Hợp cùng với hai kĩ nữ về kinh đô để dâng. Mạc Mậu Hợp bị chém ở bến Bồ Đề (Gia Lâm, Hà Nội – ND), bêu đầu ba ngày, xong, đem đầu về hành tại ở Vạn Lại (Thanh Hoa), đóng đinh vào hai mắt và bỏ ở chợ”. Các bộ sử cũ cũng cho biết, sau Mạc Mậu Hợp, đến lượt con của Mạc Mậu Hợp là Mạc Toàn cũng bị bắt và bị giết. Cuộc hỗn chiến Nam – Bắc triều đến đây, kể như kết thúc.
Lời bàn:
Thế là Nam triều thắng, Bắc triều thua, nạn binh đao ở phía Bắc tạm lắng xuống. Đành là hậu quả để lại còn nặng nề và lâu dài lắm, nhưng dẫu sao thì cái chết không còn thường xuyên rình rập thiên hạ như những năm trước đó. Đến bước đường cùng, Mạc Mậu Hợp buộc phải ẩn náu trong chùa, cố ý mượn áo cà sa và cầu kinh niệm Phật để che mắt bưng tai thiên hạ. Cửa chùa luôn rộng mở, nhưng chỉ rộng mở với những ai biết giữ gìn sự tinh khiết cho nơi thờ Phật mà thôi. Mạc Mậu Hợp vào chùa mà còn mang theo hai kĩ nữ, đáng sợ lắm thay. Hóa ra, con người này, đến chết cái nết vẫn không chừa, dám làm ô uế nhà chùa thì bảo Phật cứu độ làm sao được ? Chẳng phải Trời Phật đứng về phía Nam triều, nhưng, bớt được phe nào trong hai phe tham chiến cũng đều có ích cho sinh linh trăm họ đó thôi.
Dẫu lí giải theo cách nào đi chăng nữa, vẫn không ai chối cãi được rằng, Trịnh Tùng đã trả thù Mạc Mậu Hợp một cách hèn mạt. Hóa ra, thắng trên chiến trường đã khó mà thắng trong nhân luân lại càng khó hơn. Song le, bắt Trịnh Tùng giữ đức thì Trịnh Tùng đâu còn là Trịnh Tùng nữa. Đem đầu Mạc Mậu Hợp về Vạn Lại, chủ ý dâng Vua của Trịnh Tùng thì ít mà chủ ý dọa Vua của Trịnh Tùng thì nhiều. Mạnh như nhà Mạc mà còn bị diệt, huống chi là những thế lực nhỏ khác. Hãy biết thân biết phận, hỡi vua Lê Thế Tông – con bài chính trị ẻo lả và tội nghiệp trong bàn tay thép của Trịnh Tùng ! Ý Trịnh Tùng hẳn là chỉ đơn giản như thế mà thôi.
(Theo Việt sử giai thoại của Nguyễn Khắc Thuần)